先端综合学术研究科采用了横断领域的讲义演习等课程的一贯制的博士课程。院生第一年第二年参加「课题预备演习」,同时要专心写博士预备论文。当博士预备论文通过后,在第三年第四年第五年,通过课题演习,完成自己的博士论文。